A continuación se detalla lo más importante de la colección del Museo:
1) MASTODONTE:
Mamífero herbívoro de la fauna Cenozoica, que transitaba en la edad del hielo o Pleistoceno y pervive hasta el Holoceno. Esqueleto fósil casi completo del género CUVIERONIUS HYODON, murió hace 50,000 años; su tamaño y forma similar al elefante de 3.60 metros de alto y cubierto de grueso pelo. En la misma área se rescató: mandíbulas, colmillos, fémures y otras piezas que suponen manada.
2) PEREZOSO GIGANTE Ó EREMOTHERIUM:
Mamífero herbívoro de 3.60 metros de alto, encontrado en la zona 6 Ciudad Capital, posee el 50% del óseo natural; siendo el tercer hallazgo de 5 especimenes existentes en el mundo.
3) ARMADILLO GIGANTE Ö GLIPOTHERIUM:
El carapacho o coraza formada por mosaicos poligonales óseos, pertenece al sistema de defensa del animal, medía de 3 a 4 metros de largo. La parte del carapacho que colecciona el museo determina que su tamaño aproximado era de 2 metros.
4) EQUUS AMERICANUS O CABALLO PREHISTORICO:
El museo cuenta con minúsculos huesos de este animal, que es según los científicos una prueba de que evolucionó a otra forma mayor de manera inversa a otros. Era herbívoro y medía aproximadamente unos 50 cm. de alto, tenía patas cortas, cabeza alargada y cuerpo también largo. En las patas traseras tenía 3 dedos y en las delanteras 4 dedos, era de espeso pelaje, vivía en las zonas de follaje denso con mucha agua.
5) CARPINCHO O CAPIVARA:
Es el roedor más grande del mundo, medía más de 1 metro de altura. De costumbres acuáticas, existen ejemplares vivos en los Zoológicos de Brasil como fósiles vivientes. El cráneo de la colección del museo fué encontrado en el sector Sur Oriental de Estanzuela en 1,972.
Es ejemplar único por pertenecer al género NEOCHOERUS SARISIKAI.
6) MAMUT:
Existió en Eurasia y Norteamérica en la llamada edad del hielo o Pleistoceno de hace unos 25,000 años. El mamut el mastodonte emigraron de norteamérica a Centro y Sur América. En Guatemala se han encontrado restos de este animal y la colección del museo cuenta con 2 molares y otros fragmentos. La emigración del mamut se estacionó en Nicaragua, según los restos fósiles encontrados. El mastodonte si llegó a America del Sur.

HUESOS DE FÓSILES VIVIENTES:

7) BALLENA BARBADA O COMUN:
Cetáseo que se asemeja al pez. Mamifero que sólo tiene miembros anteriores en forma de aleta, puede permanecer bajo el agua hasta 1 hora, al salir expulsa aire y vapor por el agujero que tiene sobre la cabeza. Se alimenta de moluscos, crustaceos y peces. El museo colecciona un esqueleto de ballena encontrado en Izabal con un tamaño aproximado de 18 metros de largo.
8) MANATI O VACA MARINA:
Pertenece al órden sirenia. Igual que los cetáceos oes un mamífero que vive en el agua y se alimenta de planas y lírios de los ríos. Su forma parecida a la foca, carente de extremidades posteriores y su cola espatulada le hacen un ágil nadador aunque tiene un eso entre 800 y 1,800 lbs. Es de piel gruesa y de escaso pelo. Los especímenes del museo son originarios de Punta Gorda Belice. El Biotopo Chocón Machacas quién preserva la supervivencia de este especímen en peligro de extinción, está localizado en el Departamento de Izabal.
9) TUMBA DE GUAYTAN:
Es un monumento funerario construido de laja de unos 800 a 1000 Despues de Cristo. Esta tumba alberga los restos de un noble maya constituye un signo civilizado de la conducta del hombre. Originariamente fue encontrada en El Rancho, Aldea de San Agustín Acasaguastlán El Progreso.